Cuando la Autoridad Portuaria de Cartagena planificó la ampliación de la dársena de Escombreras, el proyecto primitivo hacía desaparecer la isla dentro de las instalaciones portuarias. Tras diferentes estudios y consideraciones, el Puerto de Cartagena decidió mantener la insularidad de la Isla de Escombreras, y desde entonces no ha cesado en su esfuerzo por preservar la flora y fauna de este enclave natural.

Tras años de invertir fondos y esfuerzos en la limpieza y el mantenimiento de las poblaciones de aves protegidas, en la actualidad, además de la gaviota de Audouin y el cormorán moñudo, una pareja de halcones peregrinos anida en la isla, siendo este año el segundo en el que crían. El control de la población de gaviota patiamarilla y la preservación de este entorno privilegiado forma parte de las tareas del Área de Medioambiente del puerto, con su consiguiente beneficio para el ecosistema.

Otro proyecto medioambiental en este mismo entorno es el mantenimiento de una de las joyas botánicas del Puerto, la manzanilla de Escombreras, un endemismo que sólo está presente en la Isla de Escombreras, en la costa cartagenera de la Azohía y en la costa de Argelia.

En este sentido, el Puerto de Cartagena y la Universidad Politécnica de Cartagena (UPCT) colaboran en un programa que busca el fomento de la reproducción de la manzanilla. Un proyecto en el que participan investigadores de esta Universidad para realizar plantaciones controladas de manzanilla en lugares como La Algameca y otras zonas del litoral cartagenero.

La apuesta por el cuidado del medioambiente es una constante en la labor de la Autoridad Portuaria de Cartagena, lo que se demuestra tanto en la gran inversión acometida para mantener la insularidad de la Isla de Escombreras, como en la actual conservación de este espacio natural.